La bandera de Comerio tiene una cruz verde y blanco y superimpuesta al cuartel superior diestro una cruz ancorada amarilla.  La bandera al ser una abstracción del Escudo de Armas recoge todo su simbolismo.

La cruz representa al Santo Cristo de la Salud, titular de la Iglesia matriz y del pueblo de Comerío.  Las franjas ondeadas al célebre Salto de Comerío y al Rpio La Plata.  Las palmas reales aluden al nombre original de pueblo, Sabana del Palmar.  El esmalte plata que les sirve de fondo y la línea nebulada que divide el cuartel como una verdadera sábana cubría antaño, en las madrugadas el palmar.  La coronoa del que deriva su nombre actual la población.  La mata de tabaco representa el producto que en tiempos pasados fue el tronco de la economia comerieña, y por el cual se cnoció a Comerío, como "El pueblo del tabaco".  La inscripción La Perla del Plata alude a la posición prominenete que, por la belleza de su localización disfruta Comerío entre los pueblos ribereños del Río La Plata.