Humacao también cuenta con una bandera basada en los colores del escudo de armas.  Los tres colores son el oro-amarillo, rojo y verde.  El oro-amarillo represente el color de la corona del jefe indio Humacao, y el monograma de Jesús.  El color rojo es por el pequeño escudo de armas y el verde representa el color de las flechas.

El escudo de armas, tiene dos colores: oro y verde.  Oro representa el color del sol.  Humacao está localizado en al parte este de la Isla donde el sol se levanta.  Verde es símbolo de nuestra herencia nativa India como también la naturaleza tropical del valle donde nuestra ciudad está localizada.  El mismo escudo de armas representa el origen nativo e indígena del nombre Humacao y fue adaptado por decreto real de España.  También representa la realeza del cacique indio Humacao.  Los otros dos componentes del escudo de armas son las dos flechas y un pequeño escudo de armas.  Las flechas representan las dos guerras que el cacique Jumacao luchó contra los españoles en el siglo XVI.  El pequeño escudo de armas en el centro representa el nombre de la iglesia católica de Humacao, llamada Dulce Nombre de Jesús.